| 4. Round | 20/08/2016 | Deportivo Cuenca | - | Club Deportivo River Plate Ecuador | 3:0 | ||||
| 5. Round | 27/08/2016 | Emelec | - | Deportivo Cuenca | 2:1 | ||||
| 6. Round | 03/09/2016 | Deportivo Cuenca | - | Fuerza Amarilla | 3:2 |  |
|||
| 7. Round | 10/09/2016 | Independiente del Valle | - | Deportivo Cuenca | 0:1 | ||||
| 8. Round | 17/09/2016 | Deportivo Cuenca | - | Universidad Catolica | 0:1 | ||||
| 9. Round | 21/09/2016 | Delfín SC | - | Deportivo Cuenca | 2:2 | ||||
| 10. Round | 25/09/2016 | Deportivo Cuenca | - | Barcelona | 0:1 | ||||
| 11. Round | 01/10/2016 | LDU Quito | - | Deportivo Cuenca | 1:2 | ||||
| 12. Round | 08/10/2016 | Deportivo Cuenca | - | LDU Quito | 0:0 | |
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