| 2. Round | 09/07/2016 | Júbilo Iwata | - | RB Omiya Ardija | 1:1 |  |
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| 3. Round | 13/07/2016 | Ventforet Kofu | - | Júbilo Iwata | 0:0 | ||||
| 7. Round | 06/08/2016 | FC Tokyo | - | Júbilo Iwata | 3:2 | ||||
| 12. Round | 17/09/2016 | Kashima Antlers | - | Júbilo Iwata | 3:0 | ||||
| 13. Round | 25/09/2016 | Júbilo Iwata | - | Shonan Bellmare | 0:0 | |
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| 14. Round | 01/10/2016 | Júbilo Iwata | - | Albirex Niigata | 1:2 | ||||
| 17. Round | 03/11/2016 | Vegalta Sendai | - | Júbilo Iwata | 0:1 | |
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