| 1. Round | 06/02/2016 | Club Deportivo River Plate Ecuador | - | Mushuc Runa | 3:1 | ||||
| 2. Round | 14/02/2016 | Mushuc Runa | - | Emelec | 0:3 | ||||
| 3. Round | 17/02/2016 | Fuerza Amarilla | - | Mushuc Runa | 0:0 | ||||
| 4. Round | 21/02/2016 | Mushuc Runa | - | Universidad Catolica | 2:1 |  |
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| 5. Round | 28/02/2016 | Aucas | - | Mushuc Runa | 1:1 | ||||
| 6. Round | 06/03/2016 | Delfín SC | - | Mushuc Runa | 1:1 | |
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| 12. Round | 16/04/2016 | El Nacional | - | Mushuc Runa | 0:1 | ||||
| 14. Round | 08/05/2016 | Deportivo Cuenca | - | Mushuc Runa | 1:0 | ||||
| 15. Round | 15/05/2016 | Mushuc Runa | - | LDU Quito | 2:2 | ||||
| 16. Round | 21/05/2016 | Barcelona | - | Mushuc Runa | 3:1 | |
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| 13. Round | 29/06/2016 | Mushuc Runa | - | Independiente del Valle | 1:3 | ||||
| 19. Round | 09/07/2016 | Universidad Catolica | - | Mushuc Runa | 1:1 | ||||
| 20. Round | 13/07/2016 | Mushuc Runa | - | Fuerza Amarilla | 0:2 | ||||
| 21. Round | 18/07/2016 | Emelec | - | Mushuc Runa | 4:0 | ||||
| 22. Round | 24/07/2016 | Mushuc Runa | - | Club Deportivo River Plate Ecuador | 0:1 |
Ecuador