| 1. Round | 31/07/2016 | Mushuc Runa | - | LDU Quito | 3:0 | ||||
| 2. Round | 06/08/2016 | Barcelona | - | Mushuc Runa | 3:1 | ||||
| 3. Round | 13/08/2016 | Mushuc Runa | - | Deportivo Cuenca | 3:2 | ||||
| 4. Round | 21/08/2016 | Aucas | - | Mushuc Runa | 0:1 | ||||
| 5. Round | 27/08/2016 | Mushuc Runa | - | El Nacional | 1:1 | ||||
| 6. Round | 04/09/2016 | Mushuc Runa | - | Delfín SC | 1:0 | ||||
| 7. Round | 10/09/2016 | Club Deportivo River Plate Ecuador | - | Mushuc Runa | 0:0 | ||||
| 8. Round | 18/09/2016 | Mushuc Runa | - | Emelec | 3:0 |  |
|||
| 9. Round | 21/09/2016 | Fuerza Amarilla | - | Mushuc Runa | 1:2 | ||||
| 10. Round | 25/09/2016 | Mushuc Runa | - | Universidad Catolica | 1:1 | ||||
| 11. Round | 01/10/2016 | Independiente del Valle | - | Mushuc Runa | 1:0 | ||||
| 13. Round | 15/10/2016 | Universidad Catolica | - | Mushuc Runa | 6:1 | ||||
| 14. Round | 19/10/2016 | Mushuc Runa | - | Fuerza Amarilla | 1:1 | ||||
| 21. Round | 04/12/2016 | Mushuc Runa | - | Barcelona | 2:4 | ||||
| 22. Round | 10/12/2016 | LDU Quito | - | Mushuc Runa | 1:2 |
Ecuador