| 5. Round | 04/02/2013 | Atlante | - | CF Monterrey | 3:1 | ||||
| 6. Round | 10/02/2013 | Atlas Guadalajara | - | Atlante | 2:1 | ||||
| 7. Round | 18/02/2013 | Atlante | - | Gallos Blancos (old) | 1:1 | ||||
| 8. Round | 24/02/2013 | Club Tijuana | - | Atlante | 2:0 | ||||
| 12. Round | 31/03/2013 | Monarcas Morelia | - | Atlante | 4:0 | ||||
| 15. Round | 21/04/2013 | Atlante | - | Puebla FC | 2:0 |  |
|||
| 16. Round | 28/04/2013 | Club León | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 17. Round | 06/05/2013 | Atlante | - | Pumas UNAM | 1:2 |
Ecuador