| 9. Round | 30/10/2016 | Panathinaikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | ||||
| 14. Round | 11/12/2016 | Atromitos | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 17. Round | 22/01/2017 | AO Kerkyra | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 18. Round | 29/01/2017 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 0:0 | ||||
| 28. Round | 09/04/2017 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 3:0 | ||||
| 30. Round | 30/04/2017 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 2:0 |
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