| 1. Round | 08/07/2016 | Guaraní | - | Club Rubio Ñu | 1:0 |  |
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| 2. Round | 16/07/2016 | Club Rubio Ñu | - | Club Olimpia | 0:0 | |
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| 3. Round | 21/07/2016 | Sportivo Luqueño | - | Club Rubio Ñu | 0:2 | ||||
| 4. Round | 25/07/2016 | General Caballero ZC | - | Club Rubio Ñu | 1:1 | ||||
| 5. Round | 01/08/2016 | Club Rubio Ñu | - | River Plate | 5:1 | ||||
| 6. Round | 06/08/2016 | Deportivo Capiatá | - | Club Rubio Ñu | 1:0 | ||||
| 7. Round | 13/08/2016 | Club Rubio Ñu | - | Cerro Porteño | 0:4 | ||||
| 9. Round | 27/08/2016 | Club Rubio Ñu | - | Club Nacional | 0:0 | |
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| 8. Round | 03/09/2016 | Sol de América | - | Club Rubio Ñu | 1:0 | ||||
| 10. Round | 12/09/2016 | Libertad | - | Club Rubio Ñu | 2:1 | |
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| 11. Round | 17/09/2016 | Club Rubio Ñu | - | General Díaz | 0:2 | ||||
| 12. Round | 26/09/2016 | Club Rubio Ñu | - | Guaraní | 0:2 | ||||
| 15. Round | 21/10/2016 | Club Rubio Ñu | - | General Caballero ZC | 0:1 | ||||
| 16. Round | 29/10/2016 | River Plate | - | Club Rubio Ñu | 0:2 | ||||
| 17. Round | 04/11/2016 | Club Rubio Ñu | - | Deportivo Capiatá | 0:1 | ||||
| 18. Round | 19/11/2016 | Cerro Porteño | - | Club Rubio Ñu | 1:0 | ||||
| 21. Round | 09/12/2016 | Club Rubio Ñu | - | Libertad | 0:1 |
Paraguay