| 3. Round | 11/09/2016 | PAS Giannina | - | Atromitos | 3:0 | ||||
| 4. Round | 18/09/2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 | ||||
| 5. Round | 25/09/2016 | Atromitos | - | Asteras Tripolis | 1:0 | ||||
| 6. Round | 03/10/2016 | Xanthi FC | - | Atromitos | 0:0 | ||||
| 7. Round | 16/10/2016 | Atromitos | - | Veria FC | 1:0 | ||||
| 8. Round | 23/10/2016 | AEP Iraklis FC | - | Atromitos | 1:2 |  |
|||
| 9. Round | 29/10/2016 | Atromitos | - | Olympiakos Piraeus | 0:1 | ||||
| 12. Round | 28/11/2016 | PAOK Saloniki | - | Atromitos | 3:4 |  |
|||
| 14. Round | 11/12/2016 | Atromitos | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 15. Round | 17/12/2016 | Platanias Chanion | - | Atromitos | 3:0 | |
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