| 14. Round | 20/12/1998 | Skoda Xanthi | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 16. Round | 22/01/1999 | Olympiakos Piraeus | - | Panionios GSS | 5:0 | ||||
| 30. Round | 12/05/1999 | AO Proodeftiki | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 33. Round | 22/05/1999 | Panionios GSS | - | Olympiakos Piraeus | 1:4 | ||||
| 34. Round | 29/05/1999 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 3:0 |
Greece