| 1. Round | 11/07/2016 | FK Tosno | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 2. Round | 16/07/2016 | FK Khimki | - | FK Tambov | 0:0 | ||||
| 3. Round | 23/07/2016 | SKA-Khabarovsk | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 4. Round | 27/07/2016 | FK Neftekhimik | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 7. Round | 13/08/2016 | FK Khimki | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 4:1 | ||||
| 8. Round | 17/08/2016 | Fakel Voronezh | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 9. Round | 21/08/2016 | FK Khimki | - | Sokol Saratov | 0:0 | ||||
| 10. Round | 28/08/2016 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 24. Round | 26/11/2016 | FK Khimki | - | Mordovia Saransk | 4:3 | ||||
| 27. Round | 17/05/2017 | Sokol Saratov | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 38. Round | 20/05/2017 | FK Khimki | - | FK Tosno | 1:3 |
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