| 1. Round | 02/04/1999 | Lok. Nizhni Novgorod | - | FK Saturn | 0:1 | ||||
| 2. Round | 10/04/1999 | Chernomorets Novorossisk | - | FK Saturn | 1:1 | ||||
| 3. Round | 16/04/1999 | FK Saturn | - | Zhemchuzhina Sochi | 3:0 | ||||
| 4. Round | 25/04/1999 | Lokomotiv Moskva | - | FK Saturn | 3:0 |  |
|||
| 5. Round | 01/05/1999 | FK Saturn | - | Dinamo Moskva | 3:3 | ||||
| 25. Round | 04/05/1999 | Spartak Moskva | - | FK Saturn | 3:1 | ||||
| 6. Round | 08/05/1999 | Krylia Sovetov | - | FK Saturn | 2:0 | ||||
| 8. Round | 21/05/1999 | Uralan Elista | - | FK Saturn | 2:0 | ||||
| 9. Round | 28/05/1999 | FK Saturn | - | Shinnik Yaroslavl | 0:0 | ||||
| 10. Round | 12/06/1999 | Zenit St. Petersburg | - | FK Saturn | 2:1 | ||||
| 11. Round | 18/06/1999 | FK Saturn | - | Spartak Moskva | 0:3 | ||||
| 12. Round | 22/06/1999 | CSKA Moskva | - | FK Saturn | 1:0 | ||||
| 22. Round | 27/08/1999 | FK Saturn | - | Uralan Elista | 2:0 | ||||
| 26. Round | 01/10/1999 | FK Saturn | - | CSKA Moskva | 2:3 | ||||
| 27. Round | 15/10/1999 | Rotor Volgograd (1929-2005) | - | FK Saturn | 1:1 |  |
|||
| 28. Round | 22/10/1999 | FK Saturn | - | Rostselmash Rostov | 1:1 | ||||
| 29. Round | 29/10/1999 | Torpedo Moskva | - | FK Saturn | 0:2 | ||||
| 30. Round | 07/11/1999 | FK Saturn | - | Lok. Nizhni Novgorod | 1:1 |
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