| 3. Round | 11/09/2016 | PAOK Saloniki | - | Panetolikos | 2:1 | ||||
| 4. Round | 18/09/2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 | ||||
| 6. Round | 02/10/2016 | Platanias Chanion | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 7. Round | 15/10/2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 | ||||
| 8. Round | 23/10/2016 | Levadiakos | - | Panetolikos | 2:1 |  |
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| 9. Round | 31/10/2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | |
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| 10. Round | 06/11/2016 | Panetolikos | - | AE Lárissa | 2:1 | ||||
| 12. Round | 27/11/2016 | Panetolikos | - | Xanthi FC | 2:3 | ||||
| 14. Round | 11/12/2016 | Panetolikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | |
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