| 2. Round | 17/02/2013 | Cienciano | - | Real Garcilaso | 0:1 | ||||
| 3. Round | 23/02/2013 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 5:0 | ||||
| 4. Round | 02/03/2013 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 1:1 | ||||
| 6. Round | 17/03/2013 | Cienciano | - | José Gálvez | 1:0 | ||||
| 7. Round | 30/03/2013 | Universidad Cesar Vallejo | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 9. Round | 14/04/2013 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 3:0 | ||||
| 11. Round | 25/04/2013 | Cienciano | - | Juan Aurich | 1:1 | ||||
| 13. Round | 03/05/2013 | Cienciano | - | León de Huánuco | 1:0 | ||||
| 15. Round | 11/05/2013 | Cienciano | - | Pacífico FC | 1:0 |  |
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| 16. Round | 19/05/2013 | Cienciano | - | FBC Melgar | 0:0 | |
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| 20. Round | 18/06/2013 | Cienciano | - | Unión Comercio | 0:2 | |
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