| 21. Round | 07/03/2009 | Viktoria Aschaffenburg | - | Karlsruher SC II | 2:1 | ||||
| 16. Round | 07/04/2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Karlsruher SC II | 3:0 | ||||
| 25. Round | 11/04/2009 | Karlsruher SC II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 1:4 | ||||
| 26. Round | 17/04/2009 | TSV 1860 München II | - | Karlsruher SC II | 3:0 | ||||
| 27. Round | 26/04/2009 | Karlsruher SC II | - | Hessen Kassel | 2:5 | ||||
| 19. Round | 26/05/2009 | SV Wehen Wiesbaden II | - | Karlsruher SC II | 1:0 | ||||
| 33. Round | 30/05/2009 | Karlsruher SC II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 34. Round | 06/06/2009 | TSV Großbardorf | - | Karlsruher SC II | 1:3 |
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