| 13. Round | 13/07/2008 | FK Khimki | - | Zenit St. Petersburg | 1:4 | ||||
| 14. Round | 19/07/2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 | ||||
| 15. Round | 25/07/2008 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 | ||||
| 16. Round | 02/08/2008 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 1:1 | ||||
| 18. Round | 17/08/2008 | FK Khimki | - | FK Moskva | 0:2 |  |
|||
| 19. Round | 23/08/2008 | Rubin Kazan | - | FK Khimki | 2:0 | |
|||
| 20. Round | 29/08/2008 | FK Khimki | - | Shinnik Yaroslavl | 0:0 | |
|||
| 21. Round | 14/09/2008 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | ||||
| 22. Round | 20/09/2008 | FK Khimki | - | FK Saturn | 2:1 | |
|||
| 24. Round | 05/10/2008 | FK Khimki | - | CSKA Moskva | 1:2 | ||||
| 25. Round | 19/10/2008 | Lokomotiv Moskva | - | FK Khimki | 0:2 | ||||
| 26. Round | 25/10/2008 | FK Khimki | - | Luch-Energiya Vladivostok | 3:1 | |
|||
| 27. Round | 01/11/2008 | Zenit St. Petersburg | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 28. Round | 07/11/2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 29. Round | 16/11/2008 | Spartak Nalchik | - | FK Khimki | 1:2 | ||||
| 30. Round | 22/11/2008 | FK Amkar Perm | - | FK Khimki | 3:1 | |
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