| 11. Round | 28/11/1998 | Ionikos Nikea | - | Apollon Smyrnis | 3:0 | ||||
| 13. Round | 12/12/1998 | Apollon Smyrnis | - | AO Kavala | 1:1 | ||||
| 30. Round | 11/05/1999 | AO Kavala | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 31. Round | 15/05/1999 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 32. Round | 19/05/1999 | Ethnikos Piraeus | - | Apollon Smyrnis | 2:3 | ||||
| 33. Round | 22/05/1999 | Apollon Smyrnis | - | Iraklis Saloniki | 1:3 | ||||
| 34. Round | 29/05/1999 | Skoda Xanthi | - | Apollon Smyrnis | 1:0 |
Greece