| 1. Round | 22/08/1998 | Veria FC | - | Iraklis Saloniki | 0:2 | ||||
| 2. Round | 29/08/1998 | Skoda Xanthi | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 3. Round | 12/09/1998 | Veria FC | - | Olympiakos Piraeus | 0:3 | ||||
| 4. Round | 19/09/1998 | AEK Athen | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 6. Round | 03/10/1998 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 7. Round | 25/10/1998 | Panionios GSS | - | Veria FC | 0:0 | ||||
| 8. Round | 31/10/1998 | Veria FC | - | OFI Heraklion | 0:0 | ||||
| 9. Round | 07/11/1998 | Paniliakos Pyrgos | - | Veria FC | 0:0 | ||||
| 10. Round | 21/11/1998 | Veria FC | - | AO Proodeftiki | 3:1 |  |
|||
| 11. Round | 28/11/1998 | Ethnikos Asteras | - | Veria FC | 4:0 | ||||
| 12. Round | 04/12/1998 | Veria FC | - | PAOK Saloniki | 1:2 | ||||
| 15. Round | 15/01/1999 | AO Kavala | - | Veria FC | 2:1 | ||||
| 16. Round | 22/01/1999 | Veria FC | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 23. Round | 13/03/1999 | Veria FC | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 0:1 | ||||
| 26. Round | 17/04/1999 | Veria FC | - | Paniliakos Pyrgos | 0:0 | ||||
| 29. Round | 08/05/1999 | PAOK Saloniki | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 31. Round | 15/05/1999 | Aris Saloniki | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 32. Round | 19/05/1999 | Veria FC | - | AO Kavala | 0:2 | ||||
| 34. Round | 29/05/1999 | Ethnikos Piraeus | - | Veria FC | 0:2 |
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