| 2. Round | 28/08/2016 | Villarreal CF B | - | CF Gavà | 1:1 | ||||
| 4. Round | 11/09/2016 | Villarreal CF B | - | CE Sabadell | 3:1 | ||||
| 5. Round | 18/09/2016 | UE Llagostera | - | Villarreal CF B | 2:2 |  |
|||
| 6. Round | 25/09/2016 | Villarreal CF B | - | Valencia CF B | 0:1 | ||||
| 7. Round | 02/10/2016 | CD Eldense | - | Villarreal CF B | 0:1 | ||||
| 11. Round | 29/10/2016 | AE Prat | - | Villarreal CF B | 0:0 | ||||
| 12. Round | 02/11/2016 | Villarreal CF B | - | Espanyol Barcelona B | 0:1 | ||||
| 13. Round | 06/11/2016 | CD Ebro | - | Villarreal CF B | 0:0 | ||||
| 14. Round | 12/11/2016 | Villarreal CF B | - | Atlético Saguntino | 3:2 |  |
|||
| 16. Round | 26/11/2016 | Villarreal CF B | - | Levante UD B | 2:0 | ||||
| 17. Round | 04/12/2016 | Villarreal CF B | - | CD Alcoyano | 0:1 | ||||
| 18. Round | 11/12/2016 | Atlético Baleares | - | Villarreal CF B | 2:2 | ||||
| 21. Round | 15/01/2017 | CF Gavà | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 26. Round | 18/02/2017 | Villarreal CF B | - | CD Eldense | 4:0 | |
|||
| 30. Round | 18/03/2017 | Villarreal CF B | - | AE Prat | 2:1 | ||||
| 38. Round | 14/05/2017 | RCD Mallorca B | - | Villarreal CF B | 0:1 |
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