| 3. Round | 02/03/2025 | El Nacional | - | Técnico Universitario | 0:0 | ||||
| 4. Round | 08/03/2025 | Manta | - | El Nacional | 4:3 |  |
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| 5. Round | 16/03/2025 | El Nacional | - | Aucas | 0:1 | |
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| 6. Round | 31/03/2025 | El Nacional | - | Orense SC | 0:1 | |
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| 7. Round | 05/04/2025 | Libertad de Loja | - | El Nacional | 1:3 | ||||
| 8. Round | 14/04/2025 | El Nacional | - | Independiente del Valle | 1:3 | |
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| 9. Round | 19/04/2025 | Barcelona | - | El Nacional | 1:0 | ||||
| 10. Round | 26/04/2025 | El Nacional | - | Delfín SC | 3:2 | ||||
| 11. Round | 03/05/2025 | LDU Quito | - | El Nacional | 2:2 |  |
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| 12. Round | 13/05/2025 | El Nacional | - | Vinotinto | 2:1 | ||||
| 13. Round | 18/05/2025 | Macará | - | El Nacional | 1:1 | |
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| 15. Round | 01/06/2025 | Mushuc Runa | - | El Nacional | 2:3 |
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