| 3. Round | 03/08/2012 | Alemannia Aachen | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 4. Round | 07/08/2012 | 1. FC Saarbrücken | - | Alemannia Aachen | 1:2 |  |
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| 5. Round | 11/08/2012 | Alemannia Aachen | - | Kickers Offenbach | 1:3 | ||||
| 6. Round | 25/08/2012 | Karlsruher SC | - | Alemannia Aachen | 0:0 |  |
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| 7. Round | 28/08/2012 | Alemannia Aachen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 8. Round | 01/09/2012 | Stuttgarter Kickers | - | Alemannia Aachen | 3:1 | ||||
| 9. Round | 15/09/2012 | Alemannia Aachen | - | SpVgg Unterhaching | 1:3 | |
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| 10. Round | 22/09/2012 | SV Babelsberg 03 | - | Alemannia Aachen | 1:0 | ||||
| 11. Round | 25/09/2012 | Alemannia Aachen | - | Preußen Münster | 1:2 | ||||
| 14. Round | 20/10/2012 | Hansa Rostock | - | Alemannia Aachen | 1:0 | ||||
| 15. Round | 27/10/2012 | Alemannia Aachen | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:1 | ||||
| 17. Round | 10/11/2012 | Alemannia Aachen | - | Hallescher FC | 0:3 | ||||
| 18. Round | 17/11/2012 | VfB Stuttgart II | - | Alemannia Aachen | 2:1 | ||||
| 19. Round | 24/11/2012 | Alemannia Aachen | - | VfL Osnabrück | 0:1 |
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