| 1. Round | 16/07/2016 | Zlaté Moravce | - | Spartak Myjava | annull. | ||||
| 4. Round | 06/08/2016 | Spartak Myjava | - | MFK Ružomberok | annull. |  |
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| 7. Round | 28/08/2016 | Spartak Myjava | - | 1. FC Tatran Prešov | annull. | ||||
| 8. Round | 10/09/2016 | Slovan Bratislava | - | Spartak Myjava | annull. | ||||
| 9. Round | 17/09/2016 | Spartak Myjava | - | AS Trenčín | annull. | ||||
| 10. Round | 24/09/2016 | MFK Zemplín Michalovce | - | Spartak Myjava | annull. | ||||
| 11. Round | 01/10/2016 | Spartak Myjava | - | FK Senica | annull. | ||||
| 12. Round | 15/10/2016 | Spartak Myjava | - | Zlaté Moravce | annull. | ||||
| 13. Round | 22/10/2016 | Spartak Myjava | - | FO ŽP Šport Podbrezová | annull. | ||||
| 16. Round | 20/11/2016 | Spartak Myjava | - | MŠK Žilina | annull. | |
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| 17. Round | 27/11/2016 | Spartak Trnava | - | Spartak Myjava | annull. | ||||
| 18. Round | 03/12/2016 | 1. FC Tatran Prešov | - | Spartak Myjava | annull. | |
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| 19. Round | 10/12/2016 | Spartak Myjava | - | Slovan Bratislava | annull. |
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