| 1. Round | 30/10/2016 | Panegialios FC | - | AO Chania | 0:0 | ||||
| 2. Round | 06/11/2016 | GS Kallithea | - | Panegialios FC | 1:0 | ||||
| 3. Round | 25/11/2016 | Apollon Smyrnis | - | Panegialios FC | 2:0 | ||||
| 4. Round | 04/12/2016 | Panegialios FC | - | Agrotikos Asteras | 1:0 |  |
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| 5. Round | 11/12/2016 | Panserraikos | - | Panegialios FC | 4:2 | |
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| 6. Round | 18/12/2016 | Panegialios FC | - | Acharnaikos FC | 0:0 | ||||
| 7. Round | 22/12/2016 | OFI Heraklion | - | Panegialios FC | 1:0 | ||||
| 8. Round | 04/01/2017 | Panegialios FC | - | Lamia | 1:0 | ||||
| 9. Round | 08/01/2017 | Aris Saloniki | - | Panegialios FC | 2:1 | ||||
| 10. Round | 15/01/2017 | Panegialios FC | - | Panthrakikos | 3:0 | ||||
| 11. Round | 18/01/2017 | Sparta FC | - | Panegialios FC | 0:0 | ||||
| 12. Round | 22/01/2017 | Panegialios FC | - | Anagennisi Karditsa | 1:0 |
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