| 1. Round | 31/08/2008 | Atlético Madrid | - | Málaga CF | 4:0 |  |
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| 2. Round | 13/09/2008 | Real Valladolid | - | Atlético Madrid | 2:1 | |
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| 3. Round | 20/09/2008 | Atlético Madrid | - | Recreativo Huelva | 4:0 | ||||
| 4. Round | 24/09/2008 | Getafe CF | - | Atlético Madrid | 1:2 | ||||
| 5. Round | 28/09/2008 | Atlético Madrid | - | Sevilla FC | 0:1 | |
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| 8. Round | 26/10/2008 | Villarreal CF | - | Atlético Madrid | 4:4 | ||||
| 13. Round | 30/11/2008 | Atlético Madrid | - | Racing Santander | 4:1 | ||||
| 14. Round | 06/12/2008 | Sporting Gijón | - | Atlético Madrid | 2:5 | |
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| 18. Round | 11/01/2009 | Atlético Madrid | - | Athletic Club | 2:3 | ||||
| 19. Round | 18/01/2009 | UD Almería | - | Atlético Madrid | 1:1 | ||||
| 23. Round | 15/02/2009 | Atlético Madrid | - | Getafe CF | 1:1 | ||||
| 24. Round | 21/02/2009 | Sevilla FC | - | Atlético Madrid | 1:0 | ||||
| 28. Round | 22/03/2009 | RCD Mallorca | - | Atlético Madrid | 2:0 | ||||
| 29. Round | 05/04/2009 | Atlético Madrid | - | CA Osasuna | 2:4 |
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