| 4. Round | 19/09/1998 | Ionikos Nikea | - | AO Kavala | 4:2 | ||||
| 5. Round | 25/09/1998 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 6. Round | 03/10/1998 | Ionikos Nikea | - | Ethnikos Piraeus | 5:0 |  |
|||
| 7. Round | 24/10/1998 | Iraklis Saloniki | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 8. Round | 31/10/1998 | Ionikos Nikea | - | Skoda Xanthi | 0:1 | ||||
| 13. Round | 12/12/1998 | Ionikos Nikea | - | Veria FC | 1:0 | ||||
| 14. Round | 19/12/1998 | OFI Heraklion | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 15. Round | 15/01/1999 | Ionikos Nikea | - | Paniliakos Pyrgos | 1:1 |  |
|||
| 17. Round | 29/01/1999 | Ionikos Nikea | - | Ethnikos Asteras | 5:0 | ||||
| 21. Round | 27/02/1999 | AO Kavala | - | Ionikos Nikea | 1:3 | ||||
| 24. Round | 20/03/1999 | Ionikos Nikea | - | Iraklis Saloniki | 0:2 | ||||
| 28. Round | 01/05/1999 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 1:1 | ||||
| 29. Round | 08/05/1999 | Ionikos Nikea | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:0 | ||||
| 30. Round | 11/05/1999 | Veria FC | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 32. Round | 18/05/1999 | Paniliakos Pyrgos | - | Ionikos Nikea | 1:4 | ||||
| 33. Round | 22/05/1999 | Ionikos Nikea | - | AO Proodeftiki | 2:0 |
Greece