| 16. Round | 22/01/1999 | Ethnikos Piraeus | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 2:2 | ||||
| 17. Round | 29/01/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Iraklis Saloniki | 0:0 | ||||
| 18. Round | 06/02/1999 | Skoda Xanthi | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 0:0 |  |
|||
| 20. Round | 20/02/1999 | AEK Athen | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 6:2 | ||||
| 21. Round | 27/02/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Apollon Smyrnis | 1:0 | ||||
| 22. Round | 07/03/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Panionios GSS | 1:0 | |
|||
| 23. Round | 13/03/1999 | Veria FC | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 0:1 | ||||
| 24. Round | 20/03/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | OFI Heraklion | 1:2 | |
|||
| 27. Round | 24/04/1999 | Ethnikos Asteras | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 0:0 | ||||
| 28. Round | 30/04/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | PAOK Saloniki | 0:4 | ||||
| 30. Round | 11/05/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Aris Saloniki | 0:1 | ||||
| 31. Round | 15/05/1999 | AO Kavala | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:0 | |
Greece