| 1. Round | 30/10/2016 | Acharnaikos FC | - | AEL Kalloni | 3:0 | ||||
| 2. Round | 06/11/2016 | OFI Heraklion | - | AEL Kalloni | 2:2 | ||||
| 3. Round | 26/11/2016 | AEL Kalloni | - | Lamia | 0:2 | ||||
| 4. Round | 05/12/2016 | Aris Saloniki | - | AEL Kalloni | 5:0 | ||||
| 5. Round | 11/12/2016 | AEL Kalloni | - | Panthrakikos | 1:1 |  |
|||
| 6. Round | 18/12/2016 | Sparta FC | - | AEL Kalloni | 1:1 | ||||
| 7. Round | 23/12/2016 | AEL Kalloni | - | Anagennisi Karditsa | 0:0 | ||||
| 8. Round | 04/01/2017 | Aiginiakos FC | - | AEL Kalloni | 0:0 | ||||
| 9. Round | 08/01/2017 | AEL Kalloni | - | Kissamikos | 1:1 | ||||
| 10. Round | 15/01/2017 | AEL Kalloni | - | Apollon Smyrnis | 1:4 | ||||
| 11. Round | 18/01/2017 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | AEL Kalloni | 3:1 | ||||
| 12. Round | 22/01/2017 | AEL Kalloni | - | AO Trikala | 0:2 | ||||
| 14. Round | 05/02/2017 | AEL Kalloni | - | GS Kallithea | 2:0 | ||||
| 17. Round | 22/02/2017 | Panserraikos | - | AEL Kalloni | 3:1 | ||||
| 18. Round | 26/02/2017 | AEL Kalloni | - | Acharnaikos FC | 2:1 | ||||
| 26. Round | 12/04/2017 | Kissamikos | - | AEL Kalloni | 4:1 | ||||
| 29. Round | 07/05/2017 | AO Trikala | - | AEL Kalloni | 5:0 | ||||
| 30. Round | 12/05/2017 | AEL Kalloni | - | AO Chania | 0:1 | ||||
| 31. Round | 21/05/2017 | GS Kallithea | - | AEL Kalloni | 4:1 |
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