| 4. Round | 19/09/2016 | Asteras Tripolis | - | PAOK Saloniki | 1:2 |  |
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| 6. Round | 02/10/2016 | Veria FC | - | PAOK Saloniki | 0:0 | ||||
| 9. Round | 30/10/2016 | PAOK Saloniki | - | AEK Athen | 1:0 | ||||
| 10. Round | 06/11/2016 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 12. Round | 28/11/2016 | PAOK Saloniki | - | Atromitos | 3:4 |  |
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| 1. Round | 03/01/2017 | Levadiakos | - | PAOK Saloniki | 0:1 | |
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| 2. Round | 08/01/2017 | PAOK Saloniki | - | PAS Giannina | 0:1 | ||||
| 16. Round | 19/01/2017 | PAOK Saloniki | - | Levadiakos | 3:0 | ||||
| 17. Round | 23/01/2017 | PAS Giannina | - | PAOK Saloniki | 0:1 | |
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| 18. Round | 29/01/2017 | Panetolikos | - | PAOK Saloniki | 0:1 | |
|
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| 11. Round | 01/02/2017 | AE Lárissa | - | PAOK Saloniki | 0:2 | |
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| 19. Round | 05/02/2017 | PAOK Saloniki | - | Asteras Tripolis | 3:2 | ||||
| 20. Round | 12/02/2017 | Xanthi FC | - | PAOK Saloniki | 0:0 | ||||
| 23. Round | 05/03/2017 | PAOK Saloniki | - | Olympiakos Piraeus | 2:0 | |
|||
| 24. Round | 12/03/2017 | AEK Athen | - | PAOK Saloniki | 3:0 | ||||
| 25. Round | 19/03/2017 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 26. Round | 02/04/2017 | PAOK Saloniki | - | AE Lárissa | 2:0 | |
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