| 11. Round | 28/11/1998 | PAOK Saloniki | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:1 | ||||
| 15. Round | 15/01/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Panathinaikos | 1:2 |  |
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| 24. Round | 20/03/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | OFI Heraklion | 1:2 | |
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| 25. Round | 27/03/1999 | Paniliakos Pyrgos | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 2:0 | ||||
| 33. Round | 22/05/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Ethnikos Piraeus | 3:0 | ||||
| 34. Round | 29/05/1999 | Iraklis Saloniki | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 2:3 |  |
Greece