1. Round | 07/08/2016 | FK Pobeda Junior | - | FK Pelister | 0:2 | ||||
2. Round | 14/08/2016 | FK Pelister | - | FK Bregalnica Štip | 3:0 | ||||
3. Round | 21/08/2016 | Makedonija GP | - | FK Pelister | 2:2 | ||||
4. Round | 27/08/2016 | FK Pelister | - | FK Rabotnički | 3:0 | ||||
5. Round | 11/09/2016 | FK Renova | - | FK Pelister | 2:0 | ||||
6. Round | 17/09/2016 | KF Shkupi | - | FK Pelister | 2:1 | ||||
7. Round | 25/09/2016 | FK Pelister | - | Sileks Kratovo | 0:0 | ||||
8. Round | 28/09/2016 | Vardar Skopje | - | FK Pelister | 1:1 | ||||
9. Round | 02/10/2016 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
10. Round | 16/10/2016 | FK Pelister | - | FK Pobeda Junior | 2:0 | ||||
11. Round | 23/10/2016 | FK Bregalnica Štip | - | FK Pelister | 0:0 | ||||
27. Round | 15/04/2017 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 0:1 | ||||
30. Round | 30/04/2017 | FK Pelister | - | Makedonija GP | 3:1 | ||||
33. Round | 13/05/2017 | FK Pelister | - | KF Shkupi | 1:0 | ||||
34. Round | 21/05/2017 | Sileks Kratovo | - | FK Pelister | 3:3 | ||||
35. Round | 28/05/2017 | FK Pelister | - | Vardar Skopje | 2:3 |