| 1. Round | 01/03/2024 | FC Flora | - | Nõmme United | 2:0 | ||||
| 2. Round | 10/03/2024 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 2:2 | ||||
| 3. Round | 16/03/2024 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 2:1 | ||||
| 7. Round | 21/04/2024 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:2 |  |
|||
| 8. Round | 27/04/2024 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 2:2 | ||||
| 12. Round | 21/05/2024 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 1:0 | ||||
| 13. Round | 29/05/2024 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 2:3 | ||||
| 14. Round | 01/06/2024 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 2:0 | ||||
| 15. Round | 15/06/2024 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 20. Round | 19/07/2024 | JK Tammeka | - | FC Flora | 2:0 | ||||
| 22. Round | 03/08/2024 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 3:1 | ||||
| 23. Round | 25/09/2024 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 3:0 | ||||
| 31. Round | 05/10/2024 | Nõmme United | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 34. Round | 26/10/2024 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 3:0 |
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