| 2. Round | 06/03/2016 | Vegalta Sendai | - | FC Tokyo | 1:2 | ||||
| 3. Round | 11/03/2016 | FC Tokyo | - | Vissel Kobe | 1:0 | ||||
| 5. Round | 02/04/2016 | FC Tokyo | - | Nagoya Grampus | 3:2 | ||||
| 11. Round | 08/05/2016 | Shonan Bellmare | - | FC Tokyo | 0:1 | ||||
| 12. Round | 13/05/2016 | FC Tokyo | - | Sagan Tosu | 0:0 | ||||
| 14. Round | 29/05/2016 | FC Tokyo | - | Gamba Osaka | 1:0 | ||||
| 15. Round | 11/06/2016 | Júbilo Iwata | - | FC Tokyo | 0:0 |  |
|||
| 10. Round | 15/06/2016 | FC Tokyo | - | Sanfrecce Hiroshima | 1:1 | ||||
| 13. Round | 22/06/2016 | Urawa Red Diamonds | - | FC Tokyo | 3:2 |
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