| 24. Round | 26/11/2016 | SKA-Khabarovsk | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 5:0 | ||||
| 26. Round | 12/03/2017 | Sibir Novosibirsk | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 0:0 | ||||
| 27. Round | 19/03/2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | Mordovia Saransk | 2:0 | ||||
| 28. Round | 26/03/2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Neftekhimik | 1:0 | ||||
| 29. Round | 01/04/2017 | Fakel Voronezh | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:2 | ||||
| 30. Round | 08/04/2017 | Sokol Saratov | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 0:0 | ||||
| 32. Round | 17/04/2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Tyumen | 3:1 | ||||
| 33. Round | 23/04/2017 | Enisey Krasnoyarsk | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:0 | ||||
| 34. Round | 29/04/2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | Dinamo Moskva | 0:1 | ||||
| 35. Round | 06/05/2017 | Baltika Kaliningrad | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 0:1 | ||||
| 36. Round | 10/05/2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | Zenit St. Petersburg 2 | 3:0 |  |
 |
||
| 37. Round | 14/05/2017 | Volgar Astrakhan | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:1 | ||||
| 38. Round | 20/05/2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | Spartak Nalchik | 3:1 |
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