| 1. Round | 20/08/2006 | AO Kerkyra | - | Apollon Kalamarias | 2:1 | ||||
| 2. Round | 27/08/2006 | Apollon Kalamarias | - | AO Egaleo | 0:1 | ||||
| 5. Round | 24/09/2006 | Apollon Kalamarias | - | Panionios GSS | 1:1 | ||||
| 6. Round | 01/10/2006 | PAOK Saloniki | - | Apollon Kalamarias | 1:1 |  |
|||
| 7. Round | 22/10/2006 | Apollon Kalamarias | - | OFI Heraklion | 0:0 | ||||
| 9. Round | 05/11/2006 | Apollon Kalamarias | - | Iraklis Saloniki | 2:1 | |
Greece