| 1. Round | 11/07/2016 | Volgar Astrakhan | - | Fakel Voronezh | 1:2 | ||||
| 5. Round | 31/07/2016 | FK Tosno | - | Fakel Voronezh | 3:1 | ||||
| 8. Round | 17/08/2016 | Fakel Voronezh | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 11. Round | 03/09/2016 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | Fakel Voronezh | 0:0 | ||||
| 12. Round | 10/09/2016 | FK Neftekhimik | - | Fakel Voronezh | 1:2 | ||||
| 24. Round | 25/11/2016 | FK Tambov | - | Fakel Voronezh | 4:0 | ||||
| 25. Round | 08/03/2017 | Fakel Voronezh | - | SKA-Khabarovsk | 0:0 | ||||
| 28. Round | 26/03/2017 | Mordovia Saransk | - | Fakel Voronezh | 2:0 | ||||
| 33. Round | 23/04/2017 | FK Tyumen | - | Fakel Voronezh | 3:1 | ||||
| 34. Round | 29/04/2017 | Fakel Voronezh | - | Enisey Krasnoyarsk | 0:3 | ||||
| 37. Round | 14/05/2017 | Zenit St. Petersburg 2 | - | Fakel Voronezh | 1:1 | ||||
| 38. Round | 20/05/2017 | Fakel Voronezh | - | Volgar Astrakhan | 0:1 |
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