| 10. Round | 06/10/2012 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 0:1 | ||||
| 11. Round | 21/10/2012 | Sigma Olomouc | - | FK Dukla Praha | 2:1 |  |
|||
| 13. Round | 04/11/2012 | Sigma Olomouc | - | 1. FK Příbram | 6:1 | ||||
| 19. Round | 09/03/2013 | Sigma Olomouc | - | Vysočina Jihlava | 3:0 | ||||
| 24. Round | 21/04/2013 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 |  |
|||
| 25. Round | 26/04/2013 | FK Dukla Praha | - | Sigma Olomouc | 0:0 | ||||
| 26. Round | 06/05/2013 | Sigma Olomouc | - | FK Teplice | 0:2 | ||||
| 27. Round | 11/05/2013 | 1. FK Příbram | - | Sigma Olomouc | 0:2 | |
|||
| 30. Round | 01/06/2013 | Sigma Olomouc | - | Dynamo České Budějovice | 1:0 |
Czech Republic