| 1. Round | 02/07/2016 | Águilas Doradas | - | Deportes Tolima | 0:0 | ||||
| 2. Round | 11/07/2016 | Deportes Tolima | - | Deportivo Cali | 1:0 | ||||
| 3. Round | 14/07/2016 | Deportes Tolima | - | Fortaleza FC | 0:0 | ||||
| 4. Round | 17/07/2016 | Atlético Nacional | - | Deportes Tolima | 2:2 | ||||
| 5. Round | 24/07/2016 | Deportes Tolima | - | Once Caldas | 3:0 | ||||
| 6. Round | 31/07/2016 | Boyacá Chicó | - | Deportes Tolima | 0:4 | ||||
| 7. Round | 08/08/2016 | Deportes Tolima | - | Millonarios | 3:1 | ||||
| 9. Round | 21/08/2016 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 10. Round | 28/08/2016 | Deportes Tolima | - | Atlético Huila | 1:1 | ||||
| 18. Round | 30/10/2016 | Deportes Tolima | - | Deportivo Pasto | 0:0 | ||||
| 19. Round | 05/11/2016 | Alianza Petrolera | - | Deportes Tolima | 3:0 | ||||
| 20. Round | 20/11/2016 | Deportes Tolima | - | Jaguares de Córdoba | 2:0 |
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