| 1. Round | 06/08/2005 | Bayern München II | - | Jahn Regensburg | 1:0 | ||||
| 2. Round | 12/08/2005 | SV Wehen-Taunusstein | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 3. Round | 21/08/2005 | Bayern München II | - | VfR Aalen | 0:0 | ||||
| 4. Round | 26/08/2005 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 0:1 | ||||
| 6. Round | 11/09/2005 | Bayern München II | - | Stuttgarter Kickers | 1:0 | ||||
| 7. Round | 16/09/2005 | TSG Hoffenheim | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 8. Round | 21/09/2005 | Bayern München II | - | SV 07 Elversberg | 0:0 | ||||
| 9. Round | 24/09/2005 | TuS Koblenz | - | Bayern München II | 4:0 | ||||
| 15. Round | 12/11/2005 | Karlsruher SC II | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 18. Round | 15/11/2005 | Jahn Regensburg | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 26. Round | 02/04/2006 | Bayern München II | - | TuS Koblenz | 0:2 |  |
|||
| 27. Round | 08/04/2006 | FC Augsburg | - | Bayern München II | 1:0 |
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