| 2. Round | 28/09/2024 | PAS Giannina | - | AEP Iraklis FC | 2:1 | ||||
| 5. Round | 20/10/2024 | AEP Iraklis FC | - | Ethnikos Neou Keramidiou | 1:0 | ||||
| 6. Round | 25/10/2024 | AEP Iraklis FC | - | Diagoras FC | 1:0 |  |
|||
| 8. Round | 08/11/2024 | AEP Iraklis FC | - | Makedonikos FC | 3:0 | ||||
| 10. Round | 24/11/2024 | AEP Iraklis FC | - | PAOK Saloniki II | 2:0 | ||||
| 11. Round | 30/11/2024 | AEP Iraklis FC | - | PAS Giannina | 3:1 | |
|||
| 12. Round | 08/12/2024 | AO Kavala | - | AEP Iraklis FC | 0:1 | ||||
| 13. Round | 14/12/2024 | AEP Iraklis FC | - | AE Lárissa | 1:2 |  |
|
||
| 14. Round | 20/12/2024 | Ethnikos Neou Keramidiou | - | AEP Iraklis FC | 0:1 | ||||
| 15. Round | 12/01/2025 | Diagoras FC | - | AEP Iraklis FC | 0:4 | ||||
| 16. Round | 20/01/2025 | AEP Iraklis FC | - | Niki Volou FC | 2:1 | |
|
||
| 18. Round | 01/02/2025 | AEP Iraklis FC | - | Kampaniakos FC | 5:0 | |
Spain