| 1. Round | 03/07/2016 | Jaguares de Córdoba | - | Fortaleza FC | 1:0 | ||||
| 2. Round | 09/07/2016 | Fortaleza FC | - | Águilas Doradas | 2:1 |  |
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| 3. Round | 14/07/2016 | Deportes Tolima | - | Fortaleza FC | 0:0 | ||||
| 4. Round | 16/07/2016 | Fortaleza FC | - | Deportivo Cali | 0:2 | ||||
| 5. Round | 24/07/2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Nacional | 0:1 | |
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| 7. Round | 06/08/2016 | Fortaleza FC | - | Boyacá Chicó | 2:1 | ||||
| 9. Round | 21/08/2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Bucaramanga | 1:2 | ||||
| 10. Round | 27/08/2016 | La Equidad | - | Fortaleza FC | 2:2 | ||||
| 13. Round | 17/09/2016 | Cortuluá | - | Fortaleza FC | 2:2 | ||||
| 15. Round | 30/09/2016 | Atlético Huila | - | Fortaleza FC | 2:1 | ||||
| 16. Round | 15/10/2016 | Fortaleza FC | - | Independiente Medellín | 2:1 | ||||
| 20. Round | 20/11/2016 | Fortaleza FC | - | Alianza Petrolera | 1:0 |
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