| 1. Round | 17/01/2009 | UAG Tecos | - | Indios Juárez | 1:2 | ||||
| 2. Round | 25/01/2009 | Indios Juárez | - | CF Monterrey | 1:1 | ||||
| 3. Round | 01/02/2009 | Club Necaxa | - | Indios Juárez | 2:2 |  |
|||
| 4. Round | 08/02/2009 | Indios Juárez | - | Santos Laguna | 0:0 | ||||
| 5. Round | 15/02/2009 | Deportivo Toluca | - | Indios Juárez | 1:0 | ||||
| 6. Round | 19/02/2009 | Indios Juárez | - | Monarcas Morelia | 2:0 | ||||
| 7. Round | 21/02/2009 | CF Pachuca | - | Indios Juárez | 3:0 | ||||
| 8. Round | 01/03/2009 | Indios Juárez | - | Jaguares Chiapas | 1:1 | |
|||
| 9. Round | 08/03/2009 | Atlas Guadalajara | - | Indios Juárez | 3:1 | ||||
| 10. Round | 15/03/2009 | Indios Juárez | - | UANL Tigres | 2:2 | ||||
| 11. Round | 21/03/2009 | Club San Luis | - | Indios Juárez | 4:1 |  |
|||
| 12. Round | 05/04/2009 | Indios Juárez | - | Atlante | 0:0 | ||||
| 13. Round | 12/04/2009 | CF América | - | Indios Juárez | 3:3 | ||||
| 14. Round | 19/04/2009 | Indios Juárez | - | Pumas UNAM | 0:0 | ||||
| 15. Round | 26/04/2009 | Puebla FC | - | Indios Juárez | 0:2 | ||||
| 16. Round | 02/05/2009 | Cruz Azul | - | Indios Juárez | 0:1 | ||||
| 17. Round | 10/05/2009 | Indios Juárez | - | Deportivo Guadalajara | 3:1 | |
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