| 2. Round | 09/02/2013 | Boyacá Chicó | - | Deportivo Cali | 1:2 | ||||
| 3. Round | 16/02/2013 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 2:2 | ||||
| 4. Round | 23/02/2013 | Boyacá Chicó | - | Deportes Tolima | 3:0 | ||||
| 10. Round | 14/04/2013 | Once Caldas | - | Boyacá Chicó | 2:2 |  |
|||
| 11. Round | 17/04/2013 | Alianza Petrolera | - | Boyacá Chicó | 3:1 | ||||
| 12. Round | 22/04/2013 | Boyacá Chicó | - | Deportivo Pasto | 2:2 | ||||
| 13. Round | 28/04/2013 | Cúcuta Deportivo | - | Boyacá Chicó | 0:1 | ||||
| 14. Round | 05/05/2013 | Boyacá Chicó | - | Atlético Huila | 2:1 | ||||
| 16. Round | 18/05/2013 | Boyacá Chicó | - | Atlético Nacional | 2:3 | ||||
| 17. Round | 25/05/2013 | Itagüi Ditaires | - | Boyacá Chicó | 3:0 | ||||
| 18. Round | 01/06/2013 | Boyacá Chicó | - | Deportes Quindío | 1:1 |
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