| 1. Round | 01/03/2014 | Jõhvi FC Lokomotiv | - | FC Flora | 1:3 |  |
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| 2. Round | 08/03/2014 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 5:0 | ||||
| 3. Round | 14/03/2014 | FC Flora | - | JK Tammeka | 3:0 | ||||
| 4. Round | 22/03/2014 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 1:1 | ||||
| 5. Round | 28/03/2014 | FC Flora | - | FC Infonet | 2:3 | ||||
| 6. Round | 05/04/2014 | FC Levadia | - | FC Flora | 1:1 | ||||
| 7. Round | 12/04/2014 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 1:0 | ||||
| 8. Round | 19/04/2014 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 1:4 | ||||
| 15. Round | 10/06/2014 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 | ||||
| 23. Round | 08/08/2014 | FC Flora | - | FC Infonet | 2:2 | ||||
| 24. Round | 16/08/2014 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 1:0 |  |
|||
| 25. Round | 19/08/2014 | JK Tammeka | - | FC Flora | 1:1 | |
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| 26. Round | 23/08/2014 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 3:0 | ||||
| 27. Round | 30/08/2014 | Jõhvi FC Lokomotiv | - | FC Flora | 2:5 | ||||
| 28. Round | 13/09/2014 | FC Flora | - | Jõhvi FC Lokomotiv | 6:2 | ||||
| 29. Round | 16/09/2014 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 30. Round | 20/09/2014 | JK Tammeka | - | FC Flora | 2:4 | |
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| 32. Round | 03/10/2014 | FC Infonet | - | FC Flora | 1:3 | ||||
| 33. Round | 18/10/2014 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:2 |
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