| 5. Round | 06/04/2024 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:3 | ||||
| 7. Round | 21/04/2024 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:2 | ||||
| 21. Round | 01/05/2024 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 9. Round | 05/05/2024 | FC Flora | - | FCI Levadia | 1:0 | ||||
| 10. Round | 11/05/2024 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 0:1 | ||||
| 17. Round | 29/06/2024 | Nõmme United | - | FC Flora | 1:1 | ||||
| 18. Round | 04/07/2024 | FCI Levadia | - | FC Flora | 1:0 | ||||
| 20. Round | 19/07/2024 | JK Tammeka | - | FC Flora | 2:0 | ||||
| 22. Round | 03/08/2024 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 3:1 | ||||
| 24. Round | 18/08/2024 | FC Flora | - | Nõmme United | 1:0 | ||||
| 25. Round | 23/08/2024 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:1 | ||||
| 26. Round | 30/08/2024 | FC Flora | - | FCI Levadia | 2:1 | ||||
| 32. Round | 20/10/2024 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 2:1 | ||||
| 35. Round | 03/11/2024 | FCI Levadia | - | FC Flora | 4:2 |  |
|||
| 36. Round | 09/11/2024 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 5:1 |
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