| 14. Round | 13/12/2009 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 2:2 | ||||
| 15. Round | 20/12/2009 | Panionios GSS | - | AO Kavala | 1:2 | ||||
| 16. Round | 06/01/2010 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 17. Round | 09/01/2010 | Ergotelis | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 18. Round | 17/01/2010 | Panionios GSS | - | Levadiakos | 2:2 | ||||
| 19. Round | 23/01/2010 | Asteras Tripolis | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 21. Round | 07/02/2010 | Atromitos | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 22. Round | 14/02/2010 | Panionios GSS | - | Iraklis Saloniki | 0:0 | ||||
| 23. Round | 21/02/2010 | PAS Giannina | - | Panionios GSS | 2:3 |  |
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