| 1. Round | 20/08/2006 | Atromitos | - | OFI Heraklion | 2:2 | ||||
| 2. Round | 27/08/2006 | AE Lárissa | - | Atromitos | 2:1 | ||||
| 3. Round | 09/09/2006 | Atromitos | - | AEK Athen | 1:1 |  |
|||
| 5. Round | 24/09/2006 | Atromitos | - | Iraklis Saloniki | 2:2 | |
|||
| 6. Round | 01/10/2006 | AO Egaleo | - | Atromitos | 0:0 | ||||
| 8. Round | 29/10/2006 | Ionikos Nikea | - | Atromitos | 1:4 | ||||
| 9. Round | 05/11/2006 | Atromitos | - | Ergotelis | 2:1 | ||||
| 23. Round | 24/02/2007 | Atromitos | - | Ionikos Nikea | 1:0 | |
|||
| 24. Round | 04/03/2007 | Ergotelis | - | Atromitos | 1:0 | |
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| 25. Round | 10/03/2007 | Atromitos | - | Skoda Xanthi | 3:3 | ||||
| 27. Round | 15/04/2007 | Atromitos | - | Panionios GSS | 0:1 | ||||
| 30. Round | 13/05/2007 | Aris Saloniki | - | Atromitos | 1:2 |
Greece