| 1. Round | 28/07/2006 | Dunakanyar-Vác FC | - | Paksi SE | 0:2 | ||||
| 3. Round | 19/08/2006 | Tatabánya FC | - | Paksi SE | 3:0 | ||||
| 4. Round | 27/08/2006 | Paksi SE | - | FC Fehérvár | 0:2 | ||||
| 5. Round | 10/09/2006 | MTK Budapest | - | Paksi SE | 1:0 | ||||
| 6. Round | 16/09/2006 | Paksi SE | - | Diósgyöri VTK | 2:1 | ||||
| 7. Round | 23/09/2006 | Győri ETO FC | - | Paksi SE | 2:1 |  |
|||
| 8. Round | 30/09/2006 | Paksi SE | - | Újpest FC | 1:1 |  |
|
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| 11. Round | 28/10/2006 | FC Sopron | - | Paksi SE | 1:3 | |
|||
| 12. Round | 04/11/2006 | Paksi SE | - | Pécsi MFC | 0:1 | ||||
| 13. Round | 13/11/2006 | Budapest Honvéd | - | Paksi SE | 0:0 | ||||
| 15. Round | 25/11/2006 | Paksi SE | - | Kaposvári RFC | 1:0 | ||||
| 17. Round | 10/12/2006 | Debreceni VSC | - | Paksi SE | 1:0 | ||||
| 19. Round | 03/03/2007 | FC Fehérvár | - | Paksi SE | 1:1 | |
|||
| 22. Round | 31/03/2007 | Paksi SE | - | Győri ETO FC | 2:2 | |
|||
| 23. Round | 09/04/2007 | Újpest FC | - | Paksi SE | 3:2 | ||||
| 24. Round | 14/04/2007 | Paksi SE | - | Rákospalotai EAC | 1:1 | ||||
| 25. Round | 21/04/2007 | Zalaegerszegi TE | - | Paksi SE | 4:0 | ||||
| 27. Round | 05/05/2007 | Pécsi MFC | - | Paksi SE | 0:2 | ||||
| 28. Round | 12/05/2007 | Paksi SE | - | Budapest Honvéd | 1:2 | ||||
| 29. Round | 19/05/2007 | Paksi SE | - | Budapesti Vasas | 4:2 |
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