| 1. Round | 01/08/2003 | Borussia Dortmund II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 |  |
|||
| 2. Round | 09/08/2003 | FC Schalke 04 II | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | ||||
| 6. Round | 07/09/2003 | Borussia Dortmund II | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 16. Round | 15/11/2003 | Borussia Dortmund II | - | Rot-Weiss Essen | 0:1 | ||||
| 18. Round | 29/11/2003 | SC Paderborn 07 | - | Borussia Dortmund II | 1:3 | ||||
| 21. Round | 07/03/2004 | Sachsen Leipzig | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | ||||
| 22. Round | 14/03/2004 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Köln II | 0:4 | ||||
| 23. Round | 21/03/2004 | Werder Bremen II | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 24. Round | 27/03/2004 | Borussia Dortmund II | - | VfR Neumünster | 1:2 |  |
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| 20. Round | 30/03/2004 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 28. Round | 25/04/2004 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 29. Round | 02/05/2004 | Dynamo Dresden | - | Borussia Dortmund II | 3:1 | |
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| 31. Round | 15/05/2004 | Hamburger SV II | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 30. Round | 19/05/2004 | Borussia Dortmund II | - | Wuppertaler SV | 1:2 | ||||
| 32. Round | 22/05/2004 | Borussia Dortmund II | - | Holstein Kiel | 2:0 |
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