| 2. Round | 06/08/2016 | Barcelona | - | Mushuc Runa | 3:1 | ||||
| 5. Round | 27/08/2016 | Mushuc Runa | - | El Nacional | 1:1 | ||||
| 6. Round | 04/09/2016 | Mushuc Runa | - | Delfín SC | 1:0 | ||||
| 8. Round | 18/09/2016 | Mushuc Runa | - | Emelec | 3:0 |  |
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| 13. Round | 15/10/2016 | Universidad Catolica | - | Mushuc Runa | 6:1 | |
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| 17. Round | 05/11/2016 | Delfín SC | - | Mushuc Runa | 2:1 | |
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| 18. Round | 12/11/2016 | El Nacional | - | Mushuc Runa | 2:1 | |
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| 21. Round | 04/12/2016 | Mushuc Runa | - | Barcelona | 2:4 | ||||
| 22. Round | 10/12/2016 | LDU Quito | - | Mushuc Runa | 1:2 | |
Ecuador