| 1. Round | 28/08/2011 | AO Kerkyra | - | Panathinaikos | 0:2 |  |
|||
| 2. Round | 11/09/2011 | Panathinaikos | - | PAS Giannina | 3:1 | ||||
| 3. Round | 17/09/2011 | Atromitos | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 6. Round | 16/10/2011 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 2:3 | ||||
| 10. Round | 19/11/2011 | Olympiakos Piraeus | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 11. Round | 27/11/2011 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 12. Round | 04/12/2011 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 3:1 | |
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| 15. Round | 04/01/2012 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 16. Round | 08/01/2012 | Panathinaikos | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 17. Round | 15/01/2012 | PAS Giannina | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 18. Round | 22/01/2012 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 19. Round | 29/01/2012 | Doxa Dramas FC | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 20. Round | 04/02/2012 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 25. Round | 17/03/2012 | Panathinaikos | - | Olympiakos Piraeus | 0:3 | ||||
| 26. Round | 24/03/2012 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 0:1 | |
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| 27. Round | 01/04/2012 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 1:0 | ||||
| 28. Round | 08/04/2012 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 3:0 | |
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| 30. Round | 22/04/2012 | Panathinaikos | - | Panetolikos | 4:0 |
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