| 2. Round | 17/07/2016 | General Caballero ZC | - | Guaraní | 0:1 | ||||
| 3. Round | 20/07/2016 | Guaraní | - | River Plate | 2:0 | ||||
| 4. Round | 24/07/2016 | Deportivo Capiatá | - | Guaraní | 1:1 | ||||
| 5. Round | 31/07/2016 | Guaraní | - | Cerro Porteño | 0:2 |  |
|||
| 7. Round | 14/08/2016 | Guaraní | - | Club Nacional | 1:0 | ||||
| 8. Round | 21/08/2016 | Libertad | - | Guaraní | 0:1 | ||||
| 9. Round | 28/08/2016 | Guaraní | - | General Díaz | 1:0 | |
|||
| 10. Round | 11/09/2016 | Guaraní | - | Sportivo Luqueño | 2:1 | |
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| 11. Round | 18/09/2016 | Club Olimpia | - | Guaraní | 0:1 | |
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| 12. Round | 26/09/2016 | Club Rubio Ñu | - | Guaraní | 0:2 | |
|||
| 14. Round | 17/10/2016 | River Plate | - | Guaraní | 0:2 | ||||
| 15. Round | 23/10/2016 | Guaraní | - | Deportivo Capiatá | 1:1 | ||||
| 16. Round | 30/10/2016 | Cerro Porteño | - | Guaraní | 1:3 | ||||
| 17. Round | 05/11/2016 | Guaraní | - | Sol de América | 4:3 | ||||
| 18. Round | 20/11/2016 | Club Nacional | - | Guaraní | 1:1 | ||||
| 19. Round | 27/11/2016 | Guaraní | - | Libertad | 1:3 |  |
|||
| 21. Round | 11/12/2016 | Sportivo Luqueño | - | Guaraní | 0:3 | ||||
| 22. Round | 18/12/2016 | Guaraní | - | Club Olimpia | 0:1 |
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